1950年，日本水俁灣附近的一個(gè)化肥廠(chǎng)將大量含有有機(jī)汞的廢水排入水俁灣， 造成水俁灣和新縣阿賀野川下游283人汞中毒，其中60人死亡。1955～1972年期間，日本富山縣神通川流域的工廠(chǎng)排放未經(jīng)適當(dāng)處理的含鎘廢水，造成當(dāng)?shù)?30人因鎘中毒患上名為“痛痛病”的怪病，其中81人死亡。日本兩次震驚世界的水污染事件，使得日本政府不得不重視對(duì)水污染的預(yù)防與控制。
20世紀(jì)50年代到70年代，是日本高速發(fā)展的時(shí)期，為了滿(mǎn)足工業(yè)發(fā)展對(duì)水的需要，日本修建了許多大型水利工程，對(duì)水進(jìn)行儲(chǔ)存和調(diào)用，同時(shí)大力開(kāi)發(fā)諸如地下水等其他水源，但總體理念是“輕節(jié)流、輕治污”與“先污染、后治理”，為此，日本政府付出了慘痛的代價(jià)。以“水俁病”和“痛痛病”為轉(zhuǎn)折點(diǎn)，日本政府轉(zhuǎn)變思路，從先污染后治理開(kāi)始逐步轉(zhuǎn)向事前防治和源頭保護(hù)。
第一，通過(guò)科學(xué)合理的總量消減計(jì)劃控制總量的排放，對(duì)人口和產(chǎn)業(yè)集中的區(qū)域， 以及大范圍向封閉性水域（湖泊、內(nèi)灣、內(nèi)海）排放大量生活污水或產(chǎn)業(yè)污水的地區(qū)， 引入排水總量控制制度，制定污染物總量削減基本方針以及各污染源分解削減目標(biāo)量。
第二，全面推廣污水處理新技術(shù)，大力發(fā)展污水處理產(chǎn)業(yè)。為了應(yīng)對(duì)廢水處理技術(shù)的迫切需要，日本政府聯(lián)合許多大公司共同投資，進(jìn)行了為期6年的“水復(fù)興90年規(guī)劃”科研項(xiàng)目，不僅幫助許多企業(yè)建立了廢水處理技術(shù)系統(tǒng)，而且開(kāi)發(fā)了一種膜技術(shù)與生物反應(yīng)器相結(jié)合處理工業(yè)和城市污水的技術(shù)，直接推動(dòng)了膜生物反應(yīng)器（MBR）在污水處理中的應(yīng)用。目前，膜法水處理技術(shù)仍是污水處理最經(jīng)濟(jì)的方法之一。
第三，建立水權(quán)制度，實(shí)現(xiàn)政府調(diào)控與市場(chǎng)引導(dǎo)。在日本，水權(quán)的取得遵循“占有優(yōu)先”的原則，河川上下游、左右岸、地區(qū)之間以及農(nóng)業(yè)、工業(yè)、市政、水電等部門(mén)之間，各自擁有不同空間、不同時(shí)間、不同用量的水權(quán)，同時(shí)擁有不同的排污權(quán)，通過(guò)水權(quán)交易市場(chǎng)實(shí)現(xiàn)水資源的優(yōu)化配置和高效利用。
此外，政府還會(huì)根據(jù)實(shí)際情況在引水量上進(jìn)行控制和協(xié)調(diào)，如為了保證河水在自然循環(huán)中的凈化能力，規(guī)定只有在河水超過(guò)河流正常流量時(shí)才可取用；在干旱來(lái)臨時(shí)，優(yōu)先引水權(quán)要經(jīng)過(guò)當(dāng)?shù)赜盟畢f(xié)調(diào)委員會(huì)的協(xié)商，先滿(mǎn)足抗旱灌溉的需要，再兼顧其它方面等。
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