當歐洲人第一次到達北美時，南佛羅里達還是一片繁榮，遍布著溫帶的松林、巨樹、河床、沼澤、濕地、海口和海灣，濕地主宰著該區的地形地貌。
在過去的100年，該區經歷了較大的人為變化，主要表現為排水灌溉系統的發展，只在半島南端保留了一些自然土地和水源。在其它的自然系統中，排水灌溉系統和人類發展嚴重影響環境，例如，導致大范圍的山體滑坡和水土流失、濕地功能的喪失、異域物種的入侵、三角洲和海濱生態的退化等。
1．濕地功能的喪失
排水灌溉系統的發展嚴重影響南佛羅里達州的濕地，原Everglade濕地的一半都消失了，約897000公頃，草族植被損失24％，約146000公頃。很多幸存下來的濕地，由于水文性質變化使徑流增加，從而受到很多負面影響。濕地干旱發生頻率的增加和空間范圍的擴大使濕地生態各級食物鏈的產出減少。另外，這種濕地水文性質的改變也剝奪了涉水鳥類的巢穴。
南佛羅里達州濕地的消失嚴重影響了生態環境和大范圍空間尺度的動物生存，例如，造成生態群落的零星碎塊和生態缺失等。
據美國漁業和野生生物部門的統計，南佛羅里達州由于濕地缺失造成18種物種頻危，12種物種有待觀察，涉水禽類的數量由1870年的250萬減少到1973年的70000只，涉水禽類數量的減少主要是水文條件改變的結果。
灌溉和人類發展增加了外境物種入侵的機會，入侵的物種通常與本地物種競爭生長。
該區Okeecholee湖南的集中排水灌溉和相關農業已經造成嚴重的有機土壤功能喪失，大規模灌溉造成有機土壤的嚴重流失。
2．水質
南佛羅里達州的水質受人類活動影響嚴重，城市和農村渠道的水通常含有高濃度的營養物質和有毒物質，這些物質使湖泊、河流、渠道、河口三角洲和海灣的生態系統嚴重退化。
水質的退變是最近幾年才發現的，東部工業區很多水質問題發生于城市水渠，尤其是在低流量的情況下，這時很多水渠布滿水藻和污物，有時還長滿水草，這種情形主要由于排泄了富含營養物質的污水和暴雨徑流造成的，徑流攜帶細菌、病毒、油脂、有毒金屬、殺蟲劑等污染物，這些水質退化的徑流會流入海濱地區、地下水或者公共供水系統。
水中富含溶解氧是良好水質的重要標志，尤其在城市地區。因為很多的溶解氧被污水中有機物解體而消耗，水生植物的生長污染了水渠，白天的溶解氧含量稍高，到夜晚幾乎為零。所以很多城市水渠中沒有善于游泳的魚，只能生長一些能耐低氧的泥鰍等小魚。
含氯化學物質，例如多氯聯苯等，這些化學物質產生于城市和工業地區，對魚類、野生動物和人類健康的危害極大。多氯聯苯主要用于工業應用，例如變壓器、塑料生產、橡皮、粘膠、墨水、穩定劑、防漏劑等。盡管從1970年以后，國際社會禁止使用多氯聯苯，但是這種污染物在環境中的持久效應直到目前還存在，其其燃燒有害物、藥物和固體污染物、化學制造、塑料生產、造紙和氯工業等也產生氯污染。
多氯聯苯等有機污染物在南佛羅里達分布很廣，主要通過降雨和空氣浮塵進行傳播，但在工業區和城市地區密集程度是最高的，例如邁阿密（Miami）國際機場附近水體中的魚類每1000g中含1000微克的這種有機污染物。工業地區有機污染物的密集會污染地下水，進而污染人們的飲用水安全。
佛羅里達州快速的城市化發展和東部沿海低洼地區的農業發展所造成的有機污染，例如化肥和殺蟲劑等污染，會對地下水體的水質形成威脅，但由于降雨的稀釋作用，使真正污染超標的地區僅集中于幾個地區。
3．農業用地
南佛羅里達州約有70萬公頃的肥沃有機土壤，大部分被轉換為農業用地，主要出產甘蔗和蔬菜。土壤中的養分由于需氧細菌的分解和周期性干濕變化而被釋放，這種情形造成大雨時土壤中大量氮和磷的流失，營養物質通過田間水渠、水控制結構、防供設施而進入水系統，使水體溶解氧減少，氮、磷、氯、重金屬的含量增加，使水具有較深顏色和導電度。
現在南佛羅里達州某些地區的水質與上世紀有明顯不同，主要是因為人類的過度開發，改變了流域的自然屬性，例如灌溉和Okeecholee湖南部的農業發展等,這導致了水系中營養物質含量的升高。
很多研究表明，南佛羅里達州的沼澤對所流經的水體起著“腎臟”的作用，能使水流中氮、磷的含量恢復到污染前的水平。
4．湖泊污染
南佛羅里達最大的湖叫Okeecholee湖，水質受上游徑流污染嚴重，大暴雨時從上游農田沖入很多農業廢物，從北邊流入湖中的污染物含量高于任何其他地方。
從1969年到1970年得到的Okeecholee湖的水質和生態數據表明，該湖從20世紀60年代開始富營養化，富營養化是該湖的主要問題，富營養化會嚴重降低水質，影響下游用水戶的用水。早期湖水的富營養化表現為綠藻的過度生長，后來轉變為藍藻的過度生長。
最近15年Okeecholee 湖磷的含量增加了2.5倍，在1987-1988達到最高峰值，最近藍藻的暴發生長標志著Okeecholee湖正接受著過量的營養，主要成分就是磷，威脅著湖區資源的生態健康。湖區由綠藻生長轉變為藍藻生長意味著湖水富營養化變得更加嚴重了，磷被認為是控制該區藻類生長的關鍵要素，所以控制該湖區富營養化關鍵是控制入流中磷的含量。
5．港口
南佛羅里達港口Charlott的水文屬性受人類活動的影響大，1934-1984年期間的入流量減少，可能是由于上游的地下水過量抽取造成的。入流水流中的營養物質在過去15年明顯增加，是因為徑流中農業廢物增多了。
水質受到果蔬農業的影響，包括果類洗滌的污染，殺蟲劑、果蔬腐爛、果蔬等，農業大面積使用化肥、殺蟲劑、除草劑、除菌劑、苯菌靈等還會造成銅、錳、鋅的污染。
此外，還有一些深井處于自流水高壓狀態，是佛羅里達州淺層地下水受到黑水污染的來源之一。這些水井由于銹蝕，使深層地下水上涌的過程中變黑，污染淺層地下水。#p#分頁標題#e#
6．汞污染
汞(水銀)污染是威脅人類健康和有機生態的嚴重問題，美國北部和加拿大南部的很多湖泊受到汞污染影響。美國佛羅里達州和其它幾個州的居民，由于魚身體中含有很高濃度的汞而提出禁食魚的建議。汞所造成的生態問題分為兩個方面，首先是食物鏈中的毒性累積，盡管汞在水中的濃度極低；其次就是汞在大氣中的擴散和傳播，由于環境中存在汞，有必要進行汞的回收。然而，統計表明，南佛羅里達州在過去的50年，空氣中的汞含量增加了2倍。
南佛羅里達州的魚類和野生動物已經被檢測出有高水平的汞，所以該區的魚類不能賣給人們消費。1989年，一只佛羅里達豹死于汞中毒，且汞中毒被認為是另外兩只豹的死因，另外該區以豹為食的浣熊體內的肝臟和肌肉里也發現了汞的積累。
南佛羅里達州汞的問題可能由多種原因造成，人們將注意力集中于兩個重要的汞的來源：市政焚燒的地方效果和東南海岸的其它排放，這可能是土壤失衡造成的。
最近完成的關于汞的研究，抽取了該州50處的泥沙樣品，結果表明，從1900年到1992年，該州泥沙中的汞濃度增加了六倍。
7．三角洲和珊瑚叢
三角洲的很多改變與來水量減少有很大關系，其它還與建造海堤、修改水渠、引水灌溉、防洪、徑流水質改變有關，佛羅里達東南海岸地下水水位維持所需要的徑流管理很小，但引水用水服務卻不少，使很多淡水濕地成為咸水濕地，很多珍貴的紅木林消失。今天，佛羅里達州的很多海濱三角洲，尤其是東南海濱和佛羅里達海灣，在干旱季節承受著高鹽條件。
水資源管理使短歷時、大流量的水流變多，但維持生態系統的基流卻減少。
在佛羅里達海灣的很多地方，珊瑚和海濱水質被認為是關鍵要素，持續的發展需要解決的問題包括增加的暴雨徑流、污水池、廢井污水的泄露、水質富營養化、重金屬污染等。
佛羅里達州珊瑚的變化在上個十年引人注意，一些環境變化可能由船只或潛水者造成，珊瑚的生長易受人類活動影響。
珊瑚的減少和健康程度的下降受多種因素影響，例如，全球氣候變暖，水中營養物質增加和高咸度水等。
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